Metoda ločevanja velikih molekul (kot so fragmenti DNK ali proteini) iz mešanice podobnih molekul. Električni tok potuje čez nosilec, ki vsebuje mešanico. Molekule čez nosilec potujejo z različno hitrostjo, ki je odvisna od električnega naboja in velikosti molekule. Pri elektroforezi proteinov in nukleinskih kislin se pogosto uporabljajo agarozni in akrilamidni geli.