Begränsar rörligheten (genetiskt modifierade) organismer genom att ordna hinder för att hindra dem från att växa utanför laboratoriet. Biologisk inneslutning kan ha två former: att organismen inte kan överleva i utomhusmiljön, eller göra utomhusmiljön ogästvänliga organismen. Dessa är sällan lämplig för bakterier, som i princip skulle kunna överleva nästan var som helst. Således för bakterier och jäst, den gynnade tillvägagångssätt är att mutera gener hos en organism så att de kräver en leverans av ett visst näringsämne som vanligtvis bara finns laboratoriet. Om de får ut de sedan inte kan växa. Gör miljön ovänliga att organismen är delvis en biologisk kontroll, dels en fysisk. , Några av de första genetiskt modifierade ris stammar var utvecklade i England (som är för kallt för ris att växa) och försökt i fältet i Arizona (där det är alltför torr). Biologisk inneslutning kan också innebära användning av vektor molekyler och värdorganismer som har inaktiverats genetiskt så att de kan överleva bara i speciella villkoren genom att Testledaren och som är tillgängliga utanför laboratoriet.