Endonucleases som erkänner särskilda base sekvenser inom en DNA-helix, skapa en dubbel-strand bryta av DNA.

Anmärkning: typ I begränsning enzymer binder till dessa erkännande platser men därefter minska DNA på olika platser. Typ II begränsning enzymer både binda och skär inom deras erkännande eller målet platser.