การเปรียบเทียบแผนผังตำแหน่งที่ตั้งของหน่วยพันธุกรรมระหว่างสปีชีส์ ผลลัพธ์ของการเปรียบเทียบเหล่านี้บ่งชี้ว่า การอนุรักษ์เป็นกอบเป็นกำของบล็อกของยีนส์และเซ็กเมนต์ขนาดใหญ่แม้แต่ของ chromosomes ระหว่างสปีชีส์ ใช้ ดีสามารถทำของนี้อนุรักษ์ของตำแหน่งแผนที่ ตัวอย่างเช่น ในกรณีของสัตว์ นั่นหมายความ ว่า ถ้ายีนที่ถูกแมปไว้ในหนึ่งหรือทั้งสองสปีแมปอ๋อย (มนุษย์และเมาส์), แล้วตำแหน่งโอกาสที่ยีนในสัตว์อื่น ๆ สามารถจะทำนาย ด้วยความมั่นใจจำนวนมาก ในทางกลับกันถ้าการแมปแบบไม่ระบุชื่อ DNA marker มีลักษณะพิเศษบนแต่ละประมาณ (นี้มีจำนวนของเครื่องหมายที่มีการเชื่อมโยงกับโลกัสประมาณคุณลักษณะ (QTL)) ใน พูด ปศุสัตว์ แล้วความรู้แผนผังเปรียบเทียบระหว่างวัวและมนุษย์สามารถระบุหน่วยพันธุกรรมในภูมิภาค homologous ของจีโนมมนุษย์มนุษย์ที่อาจตรงกับ QTL ยีนส์ดังกล่าวเรียกว่าเปรียบเทียบใช้ candidate ยีนส์ (q.v.)