คลา endonucleases ที่แห้งแยกออกดีเอ็นเอหลังจากการจดจำตามลำดับเฉพาะ เช่น Bam H1 (5´GGATCC3´), dIII Eco RI (5´GAATTC3´), และหัวหิน (5´AAGCTT3´) มีอยู่สามชนิดเอนไซม์ endonuclease จำกัด:

i:ชนิดของตัดไม่ใช่เฉพาะระยะทางมากกว่า 1000 bp จากลำดับของการจำแนก และประกอบด้วยข้อจำกัดและ methylation กิจกรรม.

ชนิดที่ II: ตัดที่ หรือ ใกล้ขนาด สั้น และมัก palindromic (q.v.), การจำแนกลำดับนั้น A แยกเอนไซม์ methylates ลำดับการจำแนกที่เดียวกัน จบ ก็อาจทำให้ตัดในการถักดีเอ็นเอสองตรงกันข้ามกันทุกประการ และสร้างทื่อ หรือพวกเขาอาจทำให้การตัด staggered สร้างสิ้นสุดเหนียว Enzymes จำกัด type II เป็นตัวนำไปใช้ประโยชน์ในเทคโนโลยี recombinant DNA ทั่วไป

Type III: 24-26 bp ดาวน์สตรีมจากสั้น อสมมาตรรู้ลำดับตัด เอทีพีต้องมี และประกอบด้วยข้อจำกัดและ methylation กิจกรรม