Một lớp học của endonucleases cleaves DNA sau khi công nhận một thứ tự cụ thể, ví dụ như, Bam H1 (5´GGATCC3´), sinh thái RI (5´GAATTC3´), và Hin dIII (5´AAGCTT3´). Có ba loại enzyme giới hạn endonuclease:

loại I: cắt giảm không cụ thể là một khoảng cách lớn hơn 1000 bp từ của nó tự nhận dạng và chứa hoạt động giới hạn lẫn methylation.

Loại II: Cắt tại hoặc gần một đoạn ngắn, và thường palindromic (cuộc), công nhận tự. A riêng biệt enzym methylates tự nhận dạng giống. Họ có thể làm cho các vết cắt trong sợi DNA hai chính xác đối diện với nhau và tạo ra thẳng thừng kết thúc, hoặc họ có thể làm cho các vết cắt Le để tạo ra các kết thúc dính. Enzyme giới hạn loại II là những người thường được khai thác trong công nghệ tái tổ hợp DNA.

Loại III: cắt giảm 24-26 bp ở hạ nguồn từ một chuỗi ngắn, không đối xứng công nhận. Yêu cầu ATP và chứa cả hạn chế và methylation hoạt động.