Sự xuất hiện của biến đổi trong chiều dài của DNA mảnh được sản xuất sau khi cát khai với một loại II hạn chế endonuclease. Sự khác biệt về độ dài ADN là do sự có mặt hay vắng mặt của sự công nhận về cho rằng đặc biệt hạn chế enzym. RFLPs đã được ban đầu sử dụng lai ghép với đầu dò DNA sau khi ly thân của digested gen DNA của phát hiện gel electrophoresis (miền Nam phân tích). Bây giờ, họ thường được phát hiện bởi electrophoresis digested PCR sản phẩm.