在編碼序列，例如，特定基網站多態性 （q.v.） 在基地 306 中特定的基因，一個個人可以合子 A 及 g： 產婦的等位基因可能有 A 這個網站，而父親的等位基因在此網站有 G。這種類型的多態性是整個基因組，廣泛和極大的優勢在於，它不需要凝膠電泳，打開大型自動化的基因分型方法探測。