第二步在大多數廢物處理系統中的細菌消耗廢物的有機部分。這通過彙集污水、 細菌和氧滴濾池內，或在活性污泥法處理。二級處理中移除所有浮動和可沉降固體和約 90%的氧氣苛刻物質和懸浮的物。氯化消毒 是輔助治療過程的最後階段。請參閱 也三級處理。