認識到特定的順序，例如 Bam H1 後裂 DNA 的一類的內切酶 (5´GGATCC3´) 生態 RI (5´GAATTC3´) 和 顯 dIII (5´AAGCTT3´)。有三種類型的限制性內切酶酶：

類型： 削減非專門的距離大於 1000 bp 從其識別序列和包含限制和甲基化活動。

第二類： 削減在或附近短，並經常復發性 （q.v.） 識別序列。A 單獨酶 methylates 的同一識別序列。，他們可能會在另一個完全相反的兩個 DNA 鏈的削減和生成鈍結束，或者他們可能使交錯的削減，以生成粘滯結束。II 型限制性內切酶是通常是利用基因重組技術。

III 型： 削減 24 26 bp 下游從短、 非對稱的識別序列。要求 ATP 和包含限制和甲基化的活動。